خمين و حومه را عهده‌دار شد . مرحوم سيد مصطفى داراى سه پسر و سه دختر بود كه پسرهاى ايشان عبارتند از : 1 . سيد مرتضى ( معروف به پسنديده ) كه از علماى جليل القدر بود . 2 . سيد نور الدين كه از محترمين مقيم تهران بود و در سال 1396 هجرى قمرى به رحمت ايزدى پيوست . 3 . سيد روح الله ( امام خمينى ) كه آخرين فرزند آن مرحوم مىباشد . امام بيش از پنج ماه ، لبخند مهربان پدر را نديد ، آيت الله خمينى ( ره ) چرا كه مرحوم سيد مصطفى هنگامى كه آخرين فرزندش ، امام خمينى ، پنج ماهه بود ، در بين راه خمين - اراك مورد سوء قصد گروهى از اشرار و فئودالها قرار گرفت و بر اثر اصابت چند گلوله به كتف و كمر ، در سن 47 سالگى به شهادت رسيد . پس از شهادت آيت الله سيد مصطفى موسوى ، امام در دامان پر مهر مادر و با يارى عمهء مهربانش « صاحبه خانم » و تحت سرپرستى و كفالت برادر بزرگ خويش ، علامه سيد مرتضى موسوى ، پرورش يافت . امام در ماه‌هاى نخست زندگى ، پدر را از دست داد و بيش از 15 سال نداشت كه روزگار ضربات تازه‌ترى بر روح آزاده و مقاوم او وارد آورد . عمهء عزيزش صاحبه خانم كه در كنار مادر و برادر يار و ياور ايشان بود به طور ناگهانى درگذشت و ديرى نپاييد كه مادر نيز به ديدار او شتافت و امام را تنها گذارد . امام دوران كودكى و نوجوانى را در شهر خمين پشت سر نهاد و تحصيلات ابتدايى و مقدماتى را همانجا نزد اهل فضل و دانش آموخت و در سن 19 سالگى براى ادامهء تحصيل به اراك كه در آن روزگاران ، يكى از مراكز علمى و حوزه‌هاى بزرگ دينى به شمار مىرفت ، مسافرت نمود . حوزهء علميهء اراك در آن زمان تحت زعامت آيت الله العظمى مرحوم حاج شيخ عبد الكريم حائرى يزدى ، كه از فارغ التحصيلان و مجتهدين حوزهء علميهء نجف اشرف بود و به دعوت فضلا و علماى شهر اراك براى زعامت حوزهء علميه به آن شهر تشريف آورده بود ، اداره مىشد . در سال 1340 هجرى حضرت آيت الله حائرى به درخواست علماى بزرگ شهر مذهبى قم ، از اراك به قم مهاجرت كرده و در جوار مرقد بانوى بزرگوار